有机物处理：医药化工废水中含有大量的有机物，可以通过生物法、化学法等方法进行处理，如生物反应器、氧化反应器等设备，将有机物降解为无害物质。酸碱中和：医药化工废水中的酸碱度往往较高，可以通过酸碱中和的方式将其调节到中性或接近中性，然后进行后续处理。
化工废水处理方法很多，最好的办法是协同催化氧化法+导流曝气生物滤池。协同催化氧化法的最大特点，一是能提高废水的可生化性，二使废水中的有害物质无选择地氧化成COH2O或矿物盐，并能卓有成效地脱色、脱氮、除磷及氯化氯金属和难降解有毒、有机物，并且不余留残余。
医药化工废水成分复杂，且富含高浓度氨氮、硫酸盐、SS以及难生物降解和有毒有害的有机物的特性，因此可先通过调节池和混凝气浮机对废水进行调节并气浮絮凝沉淀处理以去除废水中SS及部分氨氮、COD，以确保后续系统反应稳定运行。
可采用水质水量调节、自然沉淀、上浮和隔油等方法。二级处理主要是去除可用生物降解的有机溶解物和部分胶体物，减少废水中的生化需氧量和部分化学需氧量，通常采用生物法处理。
